हालांकि, बाद में भारतीय विदेश मंत्रालय ने इस विवाद को शांत करने के लिए एक बयान जारी किया। भारतीय विदेश मंत्रालय ने अपने बयान में कहा- विदेश मंत्री साझा बौद्ध विरासत का जिक्र कर रहे थे। इसमें कोई संदेह नहीं है कि गौतम बुद्ध का जन्म लुम्बिनी में हुआ था, जो नेपाल में है।
हालांकि, विदेश मंत्रालय ने यह स्पष्ट नहीं किया कि विदेश मंत्री एस जयशंकर ने गौतम बुद्ध को भारतीय क्यों कहा।
नेपाल और भारत के बीच पिछले कुछ महीनों से तनाव चल रहा है। नेपाल ने इस साल मई में अपना नया नक्शा जारी किया, जिसमें लिपुलेख, लिम्पियाधुरा और कालापानी को अपना क्षेत्र दिखाया गया। ये तीन क्षेत्र अभी भारत में हैं, लेकिन नेपाल का दावा है कि यह उसका क्षेत्र है। जबकि भारत इसे अपना क्षेत्र मानता है।
नेपाल के विदेश मंत्रालय ने अपने बयान में 2004 के भारतीय प्रधान मंत्री नरेंद्र मोदी की नेपाल यात्रा का भी उल्लेख किया है, जिसमें नरेंद्र मोदी ने कहा था कि नेपाल वह देश है, जहां दुनिया भर के शांति के दूत गौतम बुद्ध का जन्म हुआ था।
नेपाली विदेश मंत्रालय ने अपने बयान में आगे कहा है- यह सच है कि बौद्ध धर्म नेपाल से दुनिया के विभिन्न हिस्सों में फैला है। यह विषय विवाद का विषय नहीं है और न ही इस पर कोई संदेह है। इसलिए, यह बहस का विषय नहीं हो सकता है। पूरा अंतर्राष्ट्रीय समुदाय इससे अवगत है।
इस मुद्दे पर, नेपाल के पूर्व विदेश सचिव मधुरमन आचार्य ने ट्वीट किया - लगभग 2270 साल पहले, भारतीय सम्राट अशोक ने बुद्ध की जन्मभूमि को पहचानकर एक स्तंभ का निर्माण किया था। यह स्मारक किसी भी दावे से बड़ा है कि बुद्ध एक भारतीय हैं।
नेपाली कांग्रेस के प्रवक्ता बिस्वा प्रकाश शर्मा ने भारतीय विदेश मंत्री एस जयशंकर के दावे पर भी सवाल उठाया है। उन्होंने कहा है कि भगवान बुद्ध का जन्म नेपाल में हुआ था और उन्हें भारतीय विदेश मंत्री के बयान पर कड़ी आपत्ति है और यह ऐतिहासिक तथ्यों के खिलाफ है।
हाल ही में, कवि भानुभक्त के 207 वें जन्मदिन पर आयोजित एक समारोह में, नेपाल के प्रधान मंत्री केपी ओली ने राम के जन्मस्थान के बारे में एक बयान दिया, जो बहुत विवाद था।
उन्होंने कहा - असली अयोध्या नेपाल के बीरगंज के पास एक गाँव है, जहाँ भगवान राम का जन्म हुआ था। हम सांस्कृतिक रूप से दबाव में हैं। तथ्यों के साथ छेड़छाड़ की गई है। हम अभी भी मानते हैं कि हमने भारतीय राजकुमार राम को सीता दी थी। लेकिन हमने सीता को अयोध्या, भारत के राजकुमार को नहीं दिया। असली अयोध्या बीरगंज के पश्चिम में एक गाँव है, जिसे अब नहीं बनाया गया है। "
ओली का बयान आते ही न केवल भारत में बल्कि नेपाल में भी तीखी प्रतिक्रिया हुई। भारत में अयोध्या के संतों ने ओली के बयान पर नाराजगी जताई।
बाद में, नेपाली विदेश मंत्रालय ने एक बयान जारी कर कहा कि प्रधानमंत्री ओली किसी की भावनाओं को आहत नहीं करना चाहते थे।
नेपाल के विदेश मंत्रालय ने उस समय कहा था - ये टिप्पणियां किसी भी राजनीतिक मुद्दे से संबंधित नहीं थीं और किसी की भावनाओं को आहत करने के इरादे से नहीं थीं। । प्रधान मंत्री, श्री राम, केवल उस विशाल सांस्कृतिक भूगोल के अध्ययन और अनुसंधान के महत्व का उल्लेख कर रहे थे जो रामायण प्रदर्शित करता है, अयोध्या और उससे जुड़े विभिन्न स्थानों के बारे में तथ्यों को जानने के लिए। यह अयोध्या और सांस्कृतिक मूल्यों के महत्व को कम करने के लिए नहीं था।